Es el brazo derecho de Orochimaru, o por lo menos así se da a entender aunque antes era un espía de Sasori que vigilaba a Orochimaru. Acabó por aliarse con él por considerar que prefería su visión de las cosas y sus objetivos. Es un ninja de gran inteligencia y amplia visión. Participa en el examen de chūnin para reunir información sobre los ninjas que se presentan y la guarda en una baraja de cartas cuyo contenido es controlado con su chakra. Posee además un amplio conocimiento en el campo de la medicina ninja.

Kabuto tiene un nivel similar al de Kakashi Hatake, ya que logró poner contra las cuerdas a Tsunade, Shizune y Naruto que anteriormente confiaba en el ya que le ayudó en su examen al mismo tiempo utilizando el Bisturí de chakra para herir al enemigo, cortando ligamentos y músculos. También fue capaz de eliminar solo a un grupo de ANBU que custodiaban a Sasuke. fue encontrado en el campo de batalla como único superviviente por el jefe del escuadrón medico, que lo adopto.

no pudo, aparentemente hacer nada por evitar la muerte de Orochimaru a manos de Sasuke Uchiha. Tras la marcha de éste, no se le volvió a ver. Sin embargo, reapareció dando las gracias a Naruto por haberle hecho ver que podía sobrepasar a su maestro, el sannin. Tras regalarle un libro con información sobre Akatsuki, revela que insertó en su cuerpo los restos de Orochimaru, con la esperanza de volverse más fuerte. Estos al parecer se están apoderando de él gradualmente, ya que su ojo izquierdo se ha puesto igual al de Orochimaru. Hinata Hyuga vio con su Byakugan dentro de él y se vio una pelea entre los dos chakras.